《洞洞杂货店》是一部温暖治愈的奇幻漫画，讲述性格内向的图书管理员白桑在常去的巷弄尽头偶然发现一家只有下雨天才开门的袖珍杂货店。店里售卖着各类能触碰人心的神奇物件——能让人看见对方视角的共情蜡烛、收藏眼泪的琉璃瓶、替人传达未能说出口话语的纸鸢。店主是个戴着圆框眼镜、永远在泡茶的青年阿洞，他温和寡言却总能精准看透顾客内心。白桑在雨天一次次拜访中，与阿洞共同见证了无数人的心事与和解，而她自己尘封已久的童年秘密，也在这家店里找到了安放之处。
白桑得知杂货店将在雨季结束后关闭，因为阿洞的使命已经完成。最后一个雨天，全城曾被杂货店帮助过的人不约而同来到巷口，每个人带来一件自己的小物件挂在门檐上。阿洞看着满檐的挂件，第一次摘下眼镜擦了擦眼角。
一位失去孩子的母亲带回三年前买的“眼泪琉璃瓶”，说这三年她每次想哭就攒着，今天想把瓶子交还。阿洞打开瓶塞，里面传出无数声“妈妈别哭”，全是她孩子生前对她说过的话。白桑在旁已经泣不成声。
害羞的男孩买走“传话纸鸢”，想让纸鸢替他向暗恋的女生表白。结果纸鸢飞到女生窗前时卡在了树上，男孩不得不爬上去取，女生推开窗看到满头树叶的他笑了：“你是不是有什么话想说？”
一对冷战的情侣走进店里，阿洞点燃“共情蜡烛”。两人各自看到了对方视角下的争吵——男生看到女生熬夜等他回家，女生看到男生在公司被上司当众羞辱。蜡烛燃尽时他们的手已经握在了一起。
白桑发现杂货店阁楼有一面墙的抽屉，每个抽屉都刻着日期和名字。阿洞说这是“寄存秘密”的服务，她好奇地拉开自己生日那天的抽屉，里面竟然有一张她童年写给未来自己的卡片——“要变得勇敢”。
白桑被淋湿后躲进巷子避雨，发现一家从没见过的杂货店。推门进去铃铛作响，圆框眼镜的青年递来一条干毛巾：“雨天容易遇见迷路的人，也容易遇见想找的东西。”那天她买走了一枚会变色反映心情的胸针。